Es liegt am Ufer der Donau, in der Nähe von Donji Milanovac. Das Museumsgebäude ist so konzipiert, dass man die archäologischen Funde gut sehen kann, ohne die Stätte zu gefährden.Wenn Sie das Gebäude betreten, sehen Sie die Überreste von 136 Objekten – Wohneinheiten, Gräberfelder sowie Heiligtümer, die darauf hindeuten, dass hier einst auch ein geistiger Sitz der Mesolithischen Kultur war. Im mittleren Teil des Museums befinden sich die Überreste eines großen Platzes auf dem verschiedenartige Rituale abgehalten wurden.
Hologrammrekonstruktionen der Häuser erzählen auf anschauliche Weise über den Alltag der prähistorischen Menschen. Und, um die Sitten der damaligen Menschen besser zu verstehen, sind im Museum auch Rekonstruktionen der Bestattungsriten in Lepenski Vir dargestellt.
Die Sammlung von über 100 Gebrauchsgegenständen umfasst Altäre, Werkzeuge, Schmuck, Keramik sowie kleinere Skulpturen. Hier können Sie auch die Nachbildungen der monumentalen Steinskulpturen besichtigen, deren fischähnliches Aussehen über den großen Wert, den die Donau für die Einwohner von Lepenski Vir hatte, zeugt. Die Originalexemplare der großen, fischähnlichen Skulpturen  werden im Nationalmuseum in Belgrad aufbewahrt.